前往馬祖的交通有兩個，一個是搭乘立榮航空前往南北竿，另外則是坐台馬輪或台馬之星前往東引或南竿的福澳港。不論是飛機或是船，兩個都會因為大環境的天氣狀況而有所影響，因此下方除了會詳細介紹兩個交通方式本身的優缺點之外，也會告訴大家，在不同季節怎麼選擇交通方式最好！
飛機
前往馬祖的航班基本由立榮航空營運，出發地點有台北松山及台中，目的地則有南竿及北竿，單趟總時長約一個小時，一天的班次約有五至十班左右。
特點
○ 航程時間短
○ 班次多，較便利安排自己的假期及行程
○ 機票價格較為浮動，常受淡旺季影響實際金額，基本價格來回約4,000元
○ 近期觀光人潮多數前往離島，機票的售罄速度快
○ 馬祖於春夏時較容易有大霧，常會導致飛機無法正常起飛
○ 除春夏霧季外，秋冬起降也常會因天候影響而取消航班
航班範例圖式
台北來往南竿機場｜2021年3月22日
台北來往北竿機場｜2021年3月22日
船班
來回於基隆及馬祖的船班有三個，分別是臺馬之星、臺馬輪以及軍租地合富輪。從基隆出發前往馬祖的船班一天一班，都是夜班船，航程會從前一天晚上的十點，到隔天早上八點左右會抵達，會建議船票購買「臥鋪」會較為舒適。當天回程則是抵達馬祖的同班船。
先東後馬或先馬後東？
抵達馬祖時主要會有兩個停靠點，一個是東引，一個是南竿，所謂的先東後馬或先馬後東，其實就是船班會先抵達哪一個地方，而兩個島之間約有一個半小時的航程時間。
先馬後東：每月的單數日期。
先東後馬：每月的雙數日期。
票價資訊
船艙等級分為五項：頭等艙、商務艙、經濟艙(單人床)、經濟艙(雙人床)及經濟座艙，當中的票價主要又可以分為全票、半票、鄉親票。
若選擇經濟艙(單人床)全票來回馬祖，票價會為2,100元；選擇經濟座艙則會是1,230元(全票來回)。
詳細票價可見台馬之星票價頁面。
臺馬之星票價為例
特點
○ 航程時間長，約為8至10小時
○ 機票價格穩定，不受淡旺季之影響
○ 冬季時受東北季風影響而風浪較大，船班會因此長時間停航
○ 若有停航，會於行程當天早上10點半公布
選擇建議
春夏霧季：飛機 < 船
冬季東北季風：飛機 > 船
費用高低：飛機 > 船
航程時間：飛機 < 船
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